| № | Натура 2000 зона | Местообитания – код | Местообитания – наименования на български |
| 1 | Сакар | 3150 | Естествени еутрофни езера с растителност от типа Magnopotamion или Hydroharition в защитена зона ”Сакар” |
| 2 | Сакар | 3260 | Равнинни или планински реки с растителност от Ranunculion fluitantis и Callitricho-Batrachion |
| 3 | Сакар | 5210 | Храсталаци с Juniperus spp. |
| 4 | Сакар | 6110 | Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi |
| 5 | Сакар | 6210 | Полуестествени сухи тревни и храстови съобщества върху варовик (Festuco Brotemalia) |
| 6 | Сакар | 6220 | Псевдостепи с житни и едногодишни растения от клас Thero-Brachypodietea |
| 7 | Сакар | 62A0 | Източно субсредиземноморски сухи тревни съобщества. |
| 8 | Сакар | 8230 | Силикатни скали с пионерна растителност от съюзите Sedo – Scleranthion или Sedo albi-Veronicion dillenii |
| 9 | Сакар | 8310 | Неблагоустроени пещери |
| 10 | Сакар | 9170 | Дъбово-габърови гори от типа Galio-Carpinetum |
| 11 | Сакар | 9180 | Смесени гори от съюза Tilio-Acerion върху сипеи и стръмни склонове |
| 12 | Сакар | 91AA | Източни гори от космат дъб |
| 13 | Сакар | 91M0 | Балкано-Панонски церово-горунови гори |
| 14 | Сакар | 91Z0 | Мизийски гори от сребролистна липа |
| 15 | Сакар | 92A0 | Крайречни галерии от Salix alba и Populus alba |
| 16 | Река Марица | 3150 | Естествени еутрофни езера с растителност от типа Magnopotamion или Hydroharition |
| 17 | Река Марица | 3260 | Равнинни или планински реки с растителност от Ranunculion fluitantis и Callitricho-Batrachion |
| 18 | Река Марица | 3270 | Реки с кални брегове с Chenopodion rubri и Bidention p.p. |
| 19 | Река Марица | 6110 | Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi |
| 20 | Река Марица | 6210 | Полуестествени сухи тревни и храстови съобщества върху варовик (Festuco Brometalia) |
| 21 | Река Марица | 6220 | Псевдостепи с житни и едногодишни растения от клас Thero-Brachypodietea |
| 22 | Река Марица | 62A0 | Източно субсредиземноморски сухи тревни съобщества. |
| 23 | Река Марица | 6430 | Хидрофилни съобщества от високи треви в равнините и в планинския до алпийския пояс |
| 24 | Река Марица | 6510 | Низинни сенокосни ливади |
| 25 | Река Марица | 91AA | Източни гори от космат дъб |
| 26 | Река Марица | 91F0 | Крайречни смесени гори от Quercus robur, Ulmus laevis и Fraxinus excelsior или Fraxinus angustifolia покрай големи реки (Ulmenion minoris) |
| 27 | Река Марица | 91M0 | Балкано-панонски церово-горунови гори |
| 28 | Река Марица | 91Е0 | Алувиални гори с Alnus glutinosa и Fraxinus excelsior (Alno-Pandion, Alnion incanae, Salicion albae) |
| 29 | Река Марица | 92A0 | Крайречни галерии от Salix alba и Populus alba |
| 30 | Река Марица | 92D0 | Южни крайречни галерии и храсталаци (Nerio-Tamaricetea и Securinegion tinctoriae) |
| 31 | Ждрелото на река Тунджа | 6110 | Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi |
| 32 | Ждрелото на река Тунджа | 6210 | Полуестествени сухи тревни и храстови съобщества върху варовик (Festuco Brometalia) |
| 33 | Ждрелото на река Тунджа | 6220 | Псевдостепи с житни и едногодишни растения от клас Thero Brachypodietea |
| 34 | Ждрелото на река Тунджа | 62A0 | Източно субсредиземноморски сухи тревни съобщества |
| 35 | Ждрелото на река Тунджа | 8230 | Силикатни скали с пионерна растителност от съюзите Sedo-Scleranthion или Sedo albi-Veronicion dillenii |
| 36 | Ждрелото на река Тунджа | 91AA | Източни гори от космат дъб |
| 37 | Ждрелото на река Тунджа | 91M0 | Балкано-панонски церово-горунови гори |
| 38 | Ждрелото на река Тунджа | 92A0 | Крайречни галерии от Salix alba и Populus alba |
| 39 | Родопи-Източни | 3140 | Твърди олиготрофни до мезотрофни води с бентосни формации от Chara |
| 40 | Родопи-Източни | 3260 | Равнинни или планински реки с растителност от Ranunculion fluitantis и Callitricho-Batrachion |
| 41 | Родопи-Източни | 5130 | Съобщества на Juniperus communis върху варовик |
| 42 | Родопи-Източни | 5210 | Храсталаци с Juniperus spp. |
| 43 | Родопи-Източни | 6110 | Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi |
| 44 | Родопи-Източни | 6210 | Полуестествени сухи тревни и храстови съобщества върху варовик (Festuco-Brometalia) |
| 45 | Родопи-Източни | 6220 | Псевдостепи с житни и едногодишни растения от клас Thero-Brachypodietea |
| 46 | Родопи-Източни | 62A0 | Източни субсредиземноморски сухи тревни съобщества. |
| 47 | Родопи-Източни | 62D0 | Оро-мизийски ацидофилни тревни съобщества |
| 48 | Родопи-Източни | 6430 | Хидрофилни съобщества от високи треви в равнините и в планинския до алпийския пояс |
| 49 | Родопи-Източни | 6510 | Низинни сенокосни ливади (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officialis) |
| 50 | Родопи-Източни | 6520 | Планински сенокосни ливади |
| 51 | Родопи-Източни | 8210 | Хазмофитна растителност по варовикови скални склонове |
| 52 | Родопи-Източни | 8220 | Хазмофитна растителност по силикатни скални склонове |
| 53 | Родопи-Източни | 8230 | Силикатни скали с пионерна растителност от съюзите Sedo-Scleranthion или Sedo albi-Veronicion dillenii |
| 54 | Родопи-Източни | 8310 | Неблагоустроени пещери |
| 55 | Родопи-Източни | 9130 | Букови гори от типа Asperulo-Fagetum |
| 56 | Родопи-Източни | 9150 | Термофилни букови гори (Cephalanthero-Fagion) |
| 57 | Родопи-Източни | 9170 | Дъбово-габърови гори от типа Galio-Carpinetum |
| 58 | Родопи-Източни | 9180 | Смесени гори от съюза Tilio-Acerion върху сипеи и стръмни склонове |
| 59 | Родопи-Източни | 91AA | Източни гори от космат дъб |
| 60 | Родопи-Източни | 91M0 | Балкано-панонски церово-горунови гори |
| 61 | Родопи-Източни | 91W0 | Мизийски букови гори |
| 62 | Родопи-Източни | 91Е0 | Алувиални гори с Alnus glutinosa и Fraxinus excelsior |
| 63 | Родопи-Източни | 9270 | Гръцки букови гори с Abies borisii-regis |
| 64 | Родопи-Източни | 92A0 | Крайречни галерии от Salix alba и Populus alba |
| 65 | Родопи-Източни | 92C0 | Гори от Platanus orientalis |
| 66 | Родопи-Източни | 92D0 | Южни крайречни галерии и храсталаци |
| 67 | Родопи-Източни | 9530 | Субсредиземноморски борови гори с ендемични подвидове черен бор |